Médico, nació en la provincia de Córdoba, Argentina. En 1928 su padre llegó a Buenos Aires con veintidós años, con apenas una maleta, e inmediatamente consiguió un trabajo de hombreador en Dock Sud. Cuando se enteró de que en Cruz del Eje, en la provincia de Córdoba, tenía parientes lejanos que procedían también de Besarabia (lo que ahora es la República Moldava), decidió mudarse allí en busca de apoyo. Tanto Marcos como su padre trabajaron en una venta de muebles a plazos que había empezado su abuelo.
Aguinis describe a su padre como un hombre comprensivo, bondadoso, alegre y generoso. Cree que fue por reacción a la excesiva prudencia de su padre, por lo que se convirtió en un hombre tan sumamente temerario. Sin embargo, heredó de su padre el amor a la literatura y la música, y el hedonismo en general. Cuando el pequeño Marcos se negaba a comer, su padre le convencía por medio de cuentos que inventaba.
Aunque su formación académica fue breve, su padre era un ávido lector y se había suscrito a un diario en Idish, la lengua que se hablaba en casa. El español lo aprendió con ciertas dificultades. Su madre, más osada, severa y más controladora, tuvo en cambio la oportunidad de estudiar en la escuela secundaria en Europa, en donde aprendió varias lenguas: rumano, rusos, francés y latín. Había llegado a la Argentina tras numerosas peripecias en las que se habían perdido maletas y giros postales para los pasajes. Comenta que sus padres eran tan pobres que tuvieron que improvisar una cuna con un cajón de frutas.
Algunas obras publicadas: El combate perpetuo, Las redes del odio, Cantata de los diablos, La conspiración de los idiotas, La cruz invertida, La gesta del marrano, Carta esperanzada a un general, Nueva carta esperanzada a un general, Un país de novela, Que hacer.