Provenía de una importante y antigua familia romana, la gens Anicia, que dio dos emperadores y un Papa. Fue hijo de Flavio Manlio Boecio. Empezó estudios de retórica y filosofía, conocimientos que amplió en Atenas. Se casó con Rusticiana, hija del senador Símaco (senador y cónsul en el año 485).
En 510 fue consul ordinarius (el cónsul que da nombre al año) en solitario. En 522 ó 523 él mismo fue nombrado magister officiorum, cargo equivalente a lo que podría llamarse un primer ministro, del rey ostrogodo Teodorico el Grande. En 522 nombró cónsules a sus dos hijos, Flavio Símaco y Flavio Boecio.
La acumulación de tanto poder despertó los celos del partido filogótico, por lo que fue acusado de conspirar a favor del Imperio bizantino por el referendarius Cipriano, miembro de ese partido. Fue encarcelado, torturado y decapitado en Ager Calventienus, al norte de Pavía, «injustamente», según él mismo, por haber intentado proteger al Senado. La ciudad de Pavía le reconoce y celebra en la liturgia como mártir en la fe.
León XIII aprobó su culto para diócesis de Pavía el 25 de diciembre de 1883. Se festeja el 27 de mayo.
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