Nacido en una familia de origen judío emigrada desde Polonia a Estados Unidos a finales del Siglo XIX, es hijo del escritor Robert Littell. Hoy en día reside en Barcelona junto a su esposa belga y sus dos hijas. Su infancia transcurrió en Francia, y sólo dejó este país para ingresar en la Universidad de Yale tras concluir sus estudios de bachillerato en el Liceo Fenelón en 1985. A pesar de que su familia no viviera de modo directo el destino que tuvieron los judíos en Europa, Jonathan Littell creció con esta historia, que se convirtió en el tema central de su primera obra. Marcado durante su infancia por la guerra de Vietnam, se trasladó, después de haber pasado tres años en Yale, a los Balcanes, que en ese momento están en guerra. Se dedica a acciones humanitarias en el seno de la ONG Acción contra el hambre en la que trabajó durante siete años, particularmente en Bosnia-Herzegovina, pero también en otros muchos lugares del mundo como Chechenia, Afganistán, el Congo e incluso Moscú. En 2001, decide cesar en su labor humanitaria y se dedica de lleno a escribir.