Nació en Antioquía (Siria), en el año 347. En aquel entonces, dicha ciudad era la segunda más importante del Imperio Romano de Oriente. El padre de Juan, Secundo, era un alto oficial del ejército sirio y murió poco tiempo después del nacimiento de Juan por lo que su hermana mayor y él quedaron totalmente a cargo de Antusa, la madre cristiana de ambos.
Juan fue bautizado en 370, a la edad de 23 años y fue ordenado lector (una de las órdenes menores de la Iglesia). Comenzó estudios con el filósofo Andragatio y continuó con Libanio, que entonces era un famoso orador y el más ferviente partidario del feneciente paganismo romano.
Libanio quedó maravillado con la elocuencia de su discípulo y previó para el mismo una brillante carrera como estadista o legislador. Sin embargo, un encuentro con el obispo Meletio resultó decisivo en la vida de Juan, quien comenzó a estudiar teología con Diodoro de Tarso (uno de los líderes de la antigua escuela de Antioquía) mientras mantenía un ascetismo extremo.