El P. Marko Ivan Rupnik nació en el año 1954 en Zadlog, Slovenia. En 1973 ingresa en la Compañía de Jesús. Después de sus estudios en filosofía, entra en la Academia de Bellas Artes de Roma. Concluye con una tesis titulada Luigi Montanarini y el problema de la interpretación. Siguen los estudios de teología en la Gregoriana, Roma. Aquí se especializa en misionología, con una tesis de licenciatura denominada Vassilij Kandinskij como acercamiento a una lectura del significado teológico del arte moderno a la luz de la teología rusa. Es ordenado sacerdote en 1985. En 1991 consigue el doctorado en la Facultad de misionología de la Gregoriana con una tesis dirigida por el P. Špidlík titulada El significado teológico misionero del arte en la ensayística de Vjačeslav Ivanovič Ivanov.
Desde septiembre de 1991 vive y enseña en el Pontificio Instituto Oriental de Roma, Centro Aletti, del que es director. También enseña en la Pontificia Universidad Gregoriana. Desde 1995 es Director del Taller de arte espiritual del Centro Aletti. Desde 1999 es consultor del Pontificio Consejo para la Cultura. A lss actividades de artista y de teólogo añade desde siempre la más específicamente pastoral, sobre todo mediante conferencias y la dirección de numerosas tandas de ejercicios espirituales.