La mayor parte de lo que sabemos sobre él proviene del Libro de los verdaderos retratos (Sevilla, 1599) del pintor y poeta Francisco Pacheco. Nació en Sevilla, en el seno de una muy humilde familia, y se educó a las órdenes del maestro Pedro Fernández de Castilleja sin obtener, a lo que parece, título académico alguno. En los últimos años de la década de 1550 trabó amistad con don Álvaro y doña Leonor de Milán, conde y condesa de Gelves, que, desde muy pronto, se convirtieron en sus protectores, y esta última en su Musa, la enamorada que aparece aludida en sus versos como Luz, Estrella, Eliodora etc. Allá por los años 1565 ó 1566, tras haber recibido órdenes menores, se convierte en beneficiado de la iglesia de San Andrés. Frecuentó el reducido círculo de intelectuales y poetas sevillanos del que formaba parte el humanista Juan de Mal Lara. Juan Rufo y otros contemporáneos señalaron su carácter áspero, retraído y orgullloso. En 1572 publica en Sevilla su Relación de la guerra de Chipre y suceso de la batalla naval de Lepanto, en que incluyó su celebérrima Canción en alabança de la Divina Magestad por la vitoria del señor don Juan en la batalla de Lepanto. Tras la muerte de su musa en 1578, Herrera se dedicó a corregir y limar los versos nacidos de su amor juvenil. La publicación de su comentario a los poemas de Garcilaso de la Vega (Obras de Garcilaso de la Vega con anotaciones de Fernando de Herrera [Sevilla, 1580]) originó una agria polémica entre los admiradores del poeta toledano. Un castellano, con el seudónimo de Damasio, escribió una carta feroz contra Herrera, y el Conde de Haro, Juan Fernandez de Velasco, que era condestable de Castilla, redactó unas Observaciones del Licenciado Prete Jacopín, vecino de Burgos, en defensa del príncipe de los poetas castellanos Garcilasso de la Vega, vecino de Toledo, contra las Anotaciones que hizo a sus obras Fernando de Herrera, poeta sevillano. A este ataque y el anterior contestó Herrera con un opúsculo Al muy reverendo padre Prete Jacopín, secretario de las Musas, impreso por primera vez en Sevilla, en 1870. El conde de Gelves muere en 1581 a causa de la epidemia que asolaba a la sazón la ciudad de Sevilla. En 1582, después de haber atormentado a los impresores con sus caprichos tipográficos y de haber corregido a mano las erratas de muchos de los ejemplares impresos, Fernando de Herrera publica por fin una breve antología de su obra poética: Algunas obras de Fernando de Herrera, en edición no venal, ya que no lleva la tasa acostumbrada. Su semblanza biográfica de Tomás Moro (Sevilla, 1591) fue la última obra que publicó en vida.