La Historia de los heterodoxos españoles es una historia de España en sus ideas religiosas heterodoxas; es decir, apartadas de la ortodoxia católica. El autor sitúa a estos hombres y mujeres en su contexto histórico, de ahí la extensión de esta obra.
La tesis de Menéndez Pelayo es que la religión católica - la fe católica ortodoxa- ha sido la argamasa y elemento de unidad que ha salvado a nuestro país de las guerras de religión que en su día azotaron Europa.
